Für die JVA Brandenburg wurde im Jahr 2005 eine umfassende Zielplanung, einschließlich technischer und hochbaulicher Bausubstanzerfassung erstellt. Anschließend sollte ab 2007 auf Basis dieser Zielplanung die durchgreifende Grundinstandsetzung, respektive Erweiterung und Neuordnung der JVA geplant und umgesetzt werden.
Prägend für den Planungsprozess war das Wissen um die ursprüngliche Anlage der Anstalt, die in der Zeit von 1927 bis 1935 als Musteranstalt des „humanen Strafvollzugs“ konzipiert und errichtet wurde. Die Wiederherstellung der richtungsweisenden historischen Struktur, der Rückbau der Ergänzungsbauten aus der Nachkriegszeit sowie die Herausarbeitung der architektonischen Qualitäten der Bestandsgebäude bildeten in der Folge den gestalterischen Rahmen der Planungsarbeit.
In einem der ersten Bauabschnitte wurde im laufenden Betrieb die Erschließungssituation den aktuellen Erfordernissen der Zeit entsprechend neu geordnet und mit dem Neubau eines neuen Pfortengebäudes abgeschlossen. Die historische Pforte konnte erhalten und in enger Abstimmung mit der Denkmalpflege saniert und als Sicherheitszentrale wieder in Betrieb genommen werden.
Ebenfalls im laufenden Betrieb wurden die Hafthäuser unter energetischen, vollzuglichen und brandschutztechnischen Gesichtspunkten instandgesetzt. Eine besondere Herausforderung stellte die Integration neuer Baukörper in Bezug auf die historische Gesamtanlage dar. Die im Rahmen der Zielplanung vorgesehenen Gebäudevolumen von Sporthalle, Arbeitsstätten, Offenem Vollzug und Besuchergebäude bilden nun selbstverständliche bauliche Bestandteile der JVA .